사회과학연구원에서는 한국사회의 고질적 병폐라 할 수 있는 학벌 문제와 획일적인 대학서열체제 문제에 관심을 갖고, 이 문제의 원인에 대한 진단과 대안을 모색하는 연구를 진행해 오고 있다. 2003년도에는 학술진흥재단이 지원하는 협동연구지원사업지정과제에 선정되어 ‘교육경쟁력 강화를 위한 대학 통합 네트워크 구축’이라는 주제로 1년여에 걸쳐 연구를 수행하였다. 이 연구의 주요 내용은 다음과 같다.

     (1) 대학서열체제의 형성과 현황
     (2) 대학서열체제와 학벌사회: 대학서열체제에 대한 사회조사
     (3) 입시위주의 교육과 중등교육문제
     (4) 프랑스의 대학문호개방 - 대학교육의 새로운 패러다임
     (5) 독일대학제도의 형성과 변화 - 공교육 중심의 사례
     (6) 미국의 대입제도: 공립대학의 차별적 평준화 정책을 중심으로
     (7) 국립대 통합 네트워크: 대학서열체제 혁파 방안

이상의 연구 성과를 바탕으로 사회과학연구원에서는 “대학서열체제연구: 진단과 대안”이라는 저서를 출간하였으며, 향후에도 관련 교육학회, 정당, 시민사회단체와 연계하여 교육 개혁을 위한 정책대안을 제시할 연구를 수행할 예정이다.